Diese Entwicklung war eng verknüpft mit den negativen Auswirkungen der Bauernbefreiung und der Einführung der Gewerbefreiheit. Während der Reform entstanden neue Strukturen, die die Besitzverhältnisse zugunsten der kleinen Leute verbessern sollten. In der Realität verschlechterte sich aber die Lage der Bauern spürbar. Sie wurden durch Abfindungszahlungen an ehemalige Gutsherren belastet und waren unerfahren in der eigenverantwortlichen Führung eines Betriebes. Missernten und Hungersnöte in den Jahren 1846/47 verschlimmerten die Situation zusätzlich. Unter der Umstrukturierung litten aber auch die Handwerksbetriebe, da der Zugang zu Bankdienstleistungen fehlte und sie auf private Geldverleiher angewiesen waren. Sie verschuldeten sich immer mehr und verloren oftmals ihre wirtschaftliche Existenz. 1847 rief Friedrich Wilhelm Raiffeisen in Weyerbusch (Westerwald) den ersten Hilfsverein zur Unterstützung der Not leidenden ländlichen Bevölkerung ins Leben. Er gründete schließlich 1864 den "Heddesdorfer Darlehnskassenverein", der heute als erste Genossenschaft im Raiffeisenschen Sinne gilt.
Unabhängig von Raiffeisen rief Hermann Schulze in Delitzsch zeitgleich eine Hilfsaktion ins Leben, die den in Not geratenen Handwerkern zu Gute kommen sollte. Nach Auffassung von Schulze-Delitzsch war eine nachhaltige Verbesserung der wirtschaftlichen Bedingungen nur durch den Zusammenschluss einzelner, schwacher Einheiten und den Abbau von Fremdbestimmung zu erreichen. Nach den Grundsätzen der Selbsthilfe, Selbstverwaltung und Selbstverantwortung gründete er 1847 die erste "Rohstoffassoziation" für Tischler und Schuhmacher und 1850 den ersten "Vorschussverein" - den Vorläufer der heutigen Volksbanken.

In den folgenden Jahrzehnten verbreitete sich die Genossenschaftsidee in ganz Deutschland. Zahlreiche Haushalte und Betriebe schlossen sich nach den Grundsätzen von Raiffeisen und Schulze-Delitzsch zusammen.
Um den Förderauftrag für ihre Mitglieder auszubauen, gründeten die örtlichen Primärgenossenschaften regionale und nationale Zentralen. Daraus entstanden die heutigen regionalen Zentralunternehmen, Bundeszentralen sowie die Spezialinstitute. Bereits in den 70er Jahren des 19. Jahrhunderts schlossen sich die Genossenschaften zu Verbänden zusammen, um der einzelnen Genossenschaft vor Ort eine professionellere Beratung und Betreuung zu bieten. Im Jahre 1889 trat das Genossenschaftsgesetz in Kraft, in dem alle rechtsformspezifischen Vorschriften geregelt wurden. Ab diesem Zeitpunkt waren z. B. die Organe der Genossenschaft, ihre Rechte und Pflichten, Mindestregelungen der Satzung der Genossenschaft, Finanzierungs- und Rechnungslegungsfragen sowie die genossenschaftliche Prüfungspflicht gesetzlich verankert. Diese bis heute bestehende Besonderheit der genossenschaftlichen Rechtsform dient dazu, die Mitglieder der Genossenschaft vor Vermögensschäden zu schützen und die Genossenschaftsorganisation zu stabilisieren. Zusätzlich zur Prüfungspflicht wurden 1934 die Pflichtmitgliedschaft der Genossenschaften in Prüfungsverbänden und gleichzeitig die Durchführung der Prüfung durch die Prüfungsverbände obligatorisch.
Dies sollte verhindern, dass wirtschaftlich schwache Genossenschaften durch häufige Prüferwechsel Sanktionsmechanismen unterlaufen. Pflichtprüfung und Pflichtmitgliedschaft unterstützen seither die wirtschaftlich positive Entwicklung der Genossenschaften.
Nach dem II. Weltkrieg und während der Teilung Deutschlands passten sich die genossenschaftlichen Systeme zwangsläufig den politischen Verhältnissen an. Die Genossenschaften in der DDR stellten dabei keine Zusammenschlüsse im Sinne Raiffeisens und Schulze-Delitzsch' dar. Sie bauten nicht auf den Prinzipien der Selbstverantwortung und Selbstverwaltung auf, sondern wurden in das planwirtschaftliche System integriert.

Die deutschen Genossenschaftsorganisationen haben sich 1972 zusammengeschlossen. Seitdem arbeitet die Organisation weitgehend auf drei Ebenen. Auf der Primär- oder Ortsebene sind die Kreditgenossenschaften, die ländlichen Waren- und Dienstleistungsgenossenschaften sowie die gewerblichen Dienstleistungsgenossenschaften tätig. Die Genossenschaften der Primärebene errichteten auf der Regionalebene diverse Zentralen, wie z. B. Zentralbanken und Waren- und Dienstleistungszentralen. Die Arbeit der Zentralen und Primärgenossenschaften wird auf regionaler Ebene zudem durch Spezialinstitute ergänzt. Hierzu zählen auch genossenschaftliche Rechenzentralen, die die Primärgenossenschaften mit modernster Computertechnik versorgen.
Auf Bundesebene besteht eine Reihe von Bundeszentralen und Spezialinstituten, wie die DZ BANK (Deutsche Zentral-Genossenschaftsbank), die Bausparkasse Schwäbisch Hall oder die R+V Versicherung.
Weiterhin zählen die genossenschaftlichen Hypothekenbanken, Leasing- und Investment-Gesellschaften sowie ländliche und gewerbliche Zentralen dazu.
Die genossenschaftliche Organisation ist nicht im Sinne eines Konzerns, sondern von unten nach oben strukturiert. Die Arbeitsteilung folgt dem Subsidiaritätsprinzip. Die übergeordneten Zentralgenossenschaften werden zur Mitgliederförderung nur dann tätig, wenn dies auf Ortsebene nicht möglich oder sinnvoll erscheint.

Seit Mitte des 20. Jahrhunderts unterliegt die genossenschaftliche Organisation einem tief greifenden Strukturwandel. Die Genossenschaften auf der
Primärebene bildeten im Zuge des allgemeinen Konzentrationsprozesses größere Einheiten, um für ihre Mitglieder förderfähig und selber wettbewerbsfähig zu bleiben. Damit reduzierte sich die Anzahl der Genossenschaften drastisch von 26.000 (1950) auf heute 5.436. (Bei den Kreditgenossenschaften im selben Zeitraum von 12.000 auf 1.138, bei den Raiffeisen-Waren- und Dienstleistungsgenossenschaften von 21.000 auf 2.604). Diese Rationalisierungsmaßnahmen verbesserten die Leistungen für die Mitglieder bei gleichzeitig erheblich sinkenden Kosten. So konnten die Genossenschaften trotz erschwerter Wettbewerbsbedingungen ihre Stellung als leistungsfähiger Wirtschaftsfaktor zur Unterstützung ihrer Mitglieder weiter ausbauen. Konsequenterweise wuchs im Zuge des Strukturwandels nicht nur die Leistungsfähigkeit der Genossenschaften, sondern auch deren wirtschaftliche Bedeutung und Verantwortung. So stieg gleichzeitig die Anzahl der Mitglieder von 4,4 Millionen auf heute 18,1 Millionen an.

Die Bedeutung der Selbst- und Mitbestimmung sowie der Eigeninitiative steigt heute stetig, während sich die Staats- und Fremdfürsorge reduziert. Dieser Trend ist Auslöser für ein erhöhtes Interesse an Neugründungen von Genossenschaften. In den letzten drei Jahren erfolgten unter dem Dach des DGRV mehr als 500 Neugründungen. Es zeigt sich, dass traditionelle Einkaufs- bzw. Verkaufsfunktionen zunehmend ausgelagert werden.
Im Gegenzug kommen umfassende Aufgabenfelder wie betriebswirtschaftliche Beratung, EDV-Betrieb, Rechnungswesen, Laborbetrieb, Qualitätssicherung, Aus- und Weiterbildungsmaßnahmen bis hin zu Aktivitäten der Entsorgung, Recycling und Umweltschutz hinzu. Darüber hinaus werden Genossenschaften nicht mehr nur in traditionellen Branchen gegründet. Genossenschaften finden sich heute auch in Wachstumsbranchen wie dem Dienstleistungssektor, in der Datenverarbeitung bzw. im Bereich der neuen Medien sowie im Bildungs- und Gesundheitswesen. Damit zeigt sich, dass Genossenschaften nicht nur im gesellschaftlichen Trend liegen, sondern dass das ihr innewohnende Gedankengut flexibel auf verschiedenste Branchenstrukturen angewendet werden kann.

Experten stimmen überein, dass im Zuge der Globalisierung flexible Verbünde wie Kooperationen den zentral gesteuerten Großkonzernen überlegen sind.
Maßgebliche Erfolgsfaktoren im Strukturwandel sind vor allem Flexibilität, kurze Entscheidungswege, schnelle Reaktionszeiten und unbürokratische Strukturen. Der Globalisierungsprozess kann somit zu einer Intensivierung des Förderauftrags und der Mitgliederbindung bei Genossenschaften führen.